Les CRB doivent gérer de grandes quantités de données associées aux ressources biologiques qu’ils conservent. Le thème du séminaire scientifique de RARe 2025 porte sur les stratégies numériques. Le numérique offre des outils pour mieux gérer et analyser ces données. Le programme abordera les outils, défis et perspectives d’avenir du numérique pour les CRB.

"Stratégies numériques pour les CRB : outils, défis et perspectives d'avenir"

Ce thème pour 2025 s'appuie sur plusieurs éléments :

• Les CRB doivent gérer de grandes quantités de données associées aux ressources biologiques qu'ils conservent.
• Le numérique offre des outils pour mieux gérer, analyser ces données.
• La visibilité des données est essentielle pour encourager la valorisation, la collaboration et le partage des ressources.
• Les aspects réglementaires, comme l'APA (Accès et Partage des Avantages), nécessitent des outils numériques pour une gestion et une traçabilité efficace.
• Les CRB doivent s'adapter aux évolutions technologiques et aux nouvelles pratiques de la recherche, notamment en matière de gestion des données.
• Les infrastructures de recherche comme RARe travaillent à l'attribution de DOI (Digital Object Identifier) à ses structures et ses jeux de données, ce qui souligne l'importance de la gestion numérique pour une meilleure reconnaissance.

 Télécharger : le programme, les résumés des présentations (pdf)

Intervenants

Programme 

Thème 1 : Perspectives offertes par l’Intelligence Artificielle et la Data Science (30/9 14h30-18h00)

Des présentations illustrant l’intégration de l’IA dans le domaine des sciences biologiques qui se traduit par des avancées concrètes et de nouvelles pistes de recherches. Cependant, ces progrès soulèvent également de nouveaux défis scientifiques, éthiques et sociétaux qu’il faut connaitre et gérer.

Animatrice : Anne-Françoise Adam-Blondon

• Directrice de l’Unité de Ressources Genomic-Info (URGI), INRAE. Directrice Adjointe de l’IFB-Core, INRAE, CNRS, INSERM, CEA/Heads of Node ELIXIR-FR. Coordinatrice Scientifique de BRC4Plants, le pilier Plante de l’Infrastructure RARe

14h30-15h00 Hervé Monod, Directeur de recherche, UR MaIAGE. Directeur du métaprogramme DIGIT-BIO. INRAE
Développements de l’IA en cours dans les recherches d’INRAE

15h00-15h30 Sharif Islam, Senior Data Architect, Naturalis Biodiversity Center, Leiden, The Netherlands.
From Samples to Systems: Building transparent, AI-Ready infrastructures for biological resource access”

15h30-16h00 David Rousseau, Professeur des Universités, UMR INRAE IRHS
Intelligence artificielle et Centres de Ressources Biologiques : vers une nouvelle ère de valorisation des données

16h00 Pause-café 30’

16h30-17h00 Stéphane Pouyllau, CNRS Cofondateur Human-Num Lab. Pr Evry-Saclay.
ISIDORE 2030 : adapter un moteur de recherche académique aux IA génératives. (visio)

17h00-17h30 David Makowski, Directeur de recherche. Unité Mathématique et Informatique Appliqués. INRAE-Université Paris-Saclay.
AI tools for forecasting plant, animal, and human health: how to assess their reliability? (visio)

17h30-18h00 Antoine Cornuejols, Professeur d’Informatique à AgroParisTech. Membre de l’UMR AgroParisTech/INRAE MIA-Paris Saclay. Responsable de l’équipe Ekinocs.
L’IA d’hier et d’aujourd’hui : que doit-on enseigner pour l’utiliser à bon escient ?

Thème 2 : Outils numériques et usages (01/10 09h00-12h35) 

Un ensemble d’exposés pour soulever la complexité des différentes étapes et les questions pratiques qui se posent aux CRB liées à l’utilisation du numérique en matière de gestion des ressources biologiques. 

Animateur : Valentin Loux

9h00-9h25 Lionel Da Cruz, chef du Pôle recherche et accès à l’innovation et Teddy Léguillier (Ministère de la Santé – DGOS) 
IA et biobanques

9h25-9h50 Sandra Dérozier. Ingénieure de recherche en bioinformatique, INRAE Jouy-en-Josas, Unité MaIAGE. 
Omnicrobe, an open-access database of microbial habitats and phenotypes using a comprehensive text mining and data fusion approach

9h50-10h15 Christine Prat, Université Aix-Marseille.
Conséquences de la décision de Cali (DSI) pour les gestionnaires de CRB et les utilisateurs de ressources génétiques, dans le cadre de la recherche publique et des partenariats avec des entreprises privées.

10h15-10h40 Aline Bouchard, co-responsable de l’URFIST de Paris, conservateur des bibliothèques. 
Scopus AI, WOS Research Assistant, Elicit, Consensus... : enjeux et limites de l’IA pour la revue de littérature » (visio)

10h40 Pause-café 30’

11h10-11h35 Anne-Françoise Adam-Blondon, Directrice de l’Unité de Ressources Genomic-Info (URGI), INRAE. Directrice Adjointe de l’IFB-Core, INRAE, CNRS, INSERM, CEA/Heads of Node ELIXIR-FR. Coordinatrice Scientifique de BRC4Plants, le pilier plante de RARe.
BReIF and AgroDiv: success stories for data publication

11h35-12h10 Amélie Fiocca, Ingénieure et chargée de projets pour la DipSO (Direction pour la Science Ouverte) à INRAE.
Ecosystème des PIDs et recommandations à venir. 

12h10-12h35 Amélie Fiocca, Ingénieure et chargée de projets pour la DipSO (Direction pour la Science Ouverte) à INRAE.
Les entrepôts de données et la qualité du dépôt.

Le séminaire est complet en présentiel pour participer en visioconférence, contacter contact.RARe@inrae.fr.