Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par INRAE qui met en réseau 5 centres de ressources microbiologiques (CRB) certifiés (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il a pour partenaires des établissements d’enseignement supérieurs : L’institut Agro et les universités de Montpellier, Aix-Marseille, Angers et Tours.

 Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM a pour mission de gérer, caractériser et valoriser ses collections microbiennes et de les rendre accessible à la communauté scientifique et aux filières concernées.

CRB membres du pilier microorganisme

CIRM-BIA : Bactéries d'intérêt alimentaire 

CIRM-BP : Bactéries pathogènes de l'animal et de l'homme 

CIRM-CF : Champignons filamenteux d'intérêt agro-industriel 

CIRM-CFBP : Bactéries associées aux plantes 

CIRM-Levures : Levures d'intérêt technologique

CRB FAN (Fungi, Agri-food, eNvironment) de l'unit UBOCC : Le CRB FAN conserve et distribue des levures et moisissures issues d'environnements variés (produits alimentaires transformés ou non, champs, environnement marin...)

CRB SAMBO : SAMBO est la biobanque de MGP, une unité de recherche INRAE dédiée à la recherche sur le microbiote humain et animal. SAMBO offre des solutions à grande échelle pour le prélèvement, le stockage et la gestion d’échantillons (fèces et ADN) avec une capacité de stockage de 600000 échantillons.