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Dernière mise à jour : Mai 2021

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AgroBRC - RARe Ressources agronomiques pour la Recherche

Microbiothérapie : vers une standardisation des greffes de microbiote fécal

INRAE / La salle de biobanking robotisée de SAMBO avec une capacité de 600000 échantillons de feces et d’ADN de microbiotes ».
Avec les premiers essais de phase III réussis pour le traitement des infections à Clostridioides difficile, on peut raisonnablement s'attendre à ce que le nombre d'indications de microbiothérapie (transplantation de microbiote fécal) augmente considérablement, nécessitant en même temps des procédés standardisés pour utiliser des greffes stabilisées.

Dans un article paru dans Scientific Reports, des chercheuses et chercheurs de MetaGenoPolis et Micalis (INRAE, UPSaclay, Jouy-en-Josas), proposent une évaluation comparative de la performance de deux nouveaux cryoprotecteurs (produit qui protège les cellules vivantes contre les très basses températures) pour greffes fécales humaines congelées chez des souris sans germes.

Le séquençage métagénomique shotgun à haute résolution été utilisé pour évaluer l'effet de ces nouveaux cryoprotecteurs et de la durée de stockage sur la cinétique et l'efficacité de la greffe. Les principaux résultats mettent en évidence que ces cryoprotecteurs permettent d'obtenir les profils taxonomiques les plus proches de la référence. Ils favorisent notamment la survie et l’implantation d’espèces bactériennes importantes pour la santé, ainsi que la non-prolifération d’espèces indésirables. Les résultats attirent également l’attention sur la nécessité de poursuivre les efforts visant à améliorer encore la survie d’espèces très sensibles appartenant aux familles Lachnospiraceae et Ruminoccocaceae, dont la survie intégrale est à rechercher pour assurer le plein succès d’une greffe fécale.

La plateforme SAMBO de MGP, un CRB du pilier microbien de RARe, est impliquée dans cette étude pour la conservation et l’extraction automatique de l’ADN des échantillons de fèces ou des préparations inoculées aux animaux.

  • Contact : magali.berland(at)inrae.fr

Voir aussi

Référence

Berland, M., Cadiou, J., Levenez, F. et al. High engraftment capacity of frozen ready-to-use human fecal microbiota transplants assessed in germ-free mice. Sci Rep 11, 4365 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-83638-7